传说漂浮在空中的岛屿「拉普达帝国」蕴藏大量宝藏，因此引来海盗的觊觎，军方也亟欲寻找城中是否存在支配整个地球的神秘力量。两帮人马对握有神秘飞行石的女孩希达展开追逐行动，企图利用她和飞行石的力量找到拉普达。正当希达置身险境，在矿场工作的少年巴鲁适时地伸出了援手，一见如故的两人为了寻找传说中的天空之城，踏上一段前所未有的惊险旅程。