五岁的宗介与妈妈理莎，住在一个靠海小村庄的山崖上。身为船长的爸爸长年出海，留下宗介与妈妈相依为命。某天，他在山崖下岩石遍布的海滩玩耍时，捡到了一只困在玻璃瓶里的人鱼波妞。宗介救出波妞，两人也成为好朋友。但是波妞的魔法师父亲逼着波妞跟他回到海里，波妞坚决不肯并开始大吵大闹，她心意已决，要变成人类小女孩回到宗介的身边。