傳說漂浮在空中的島嶼「拉普達帝國」蘊藏大量寶藏，因此引來海盜的覬覦，軍方也亟欲尋找城中是否存在支配整個地球的神秘力量。兩幫人馬對握有神秘飛行石的女孩希達展開追逐行動，企圖利用她和飛行石的力量找到拉普達。正當希達置身險境，在礦場工作的少年巴魯適時地伸出了援手，一見如故的兩人為了尋找傳說中的天空之城，踏上一段前所未有的驚險旅程。