五歲的宗介與媽媽理莎，住在一個靠海小村莊的山崖上。身為船長的爸爸長年出海，留下宗介與媽媽相依為命。某天，他在山崖下岩石遍佈的海灘玩耍時，撿到了一隻困在玻璃瓶裡的人魚波妞。宗介救出波妞，兩人也成為好朋友。但是波妞的魔法師父親逼著波妞跟他回到海裡，波妞堅決不肯並開始大吵大鬧，她心意已決，要變成人類小女孩回到宗介的身邊。